ひょんなことから・・・
ATOKX を使うことが出来る機会が出来たのでインストールしてみたのでその記録を。
Linux 関係のパッケージをインストール
linux-base と linux-gtk をインストールしておく事。
今回は
FreeBSD FTP Site:
/pub/FreeBSD/ports/i386/packages-5.4-release/linux/linux_base-8-8.0_6.tbz
/pub/FreeBSD/ports/i386/packages-5.4-release/x11-toolkits/linux-gtk-1.2_4.tbz
をインストールした。
4.x-RELEASE などでも同名のバージョン違いがあるので、リリース番号に合わせてインストールすればよい。
圧縮ファイルを展開
ATOKX のパッケージは .tgz 型式もあるので、今回はこれを展開することにする。
# tar xfzP atokx-1.0-1.i386.tgz
# tar xfzP iiimf.tgz
P オプションを付けるとファイル名の先頭から "/" を取らなくなるので / 直下に展開することになる。
自動起動スクリプトの準備と再起動
ここのパッチを適用する事。
[ ミラー (atokx.diff) ] [ ミラー (IIim.diff) ]
# patch -p < atokx.diff
# patch -p < IIim.diff
IIim.diff ではエラー出力を /dev/null に落としているが、エラーが出ていないかわからないので出来れば外しておいた方がよい。

パッチを当てたらスクリプトをコピー。
# /etc/rc.d/init.d/atokx /usr/local/etc/rc.d/atokx.sh
# /etc/rc.d/init.d/IIim /usr/local/etc/rc.d/IIim.sh
とりあえず再起動してデーモンが起動するかを確認する。
IIim.sh のエラー出力を /dev/null に落としている部分は消しておこう。
# /usr/local/etc/rc.d/atokx.sh start
# /usr/local/etc/rc.d/IIim.sh start
ここで IIim.sh (htt) が
error in loading shared libraries: /usr/X11R6/lib/libX11.so.6 ELF file OS ABI invalid.
などとエラーを吐いた場合は linux-gtk が入っていないので、packages なり ports からインストールする。

起動後はこうなる。
PID  TT  STAT      TIME COMMAND
133  ??  I      0:00.04 /usr/lib/locale/ja/atokserver/atokmngdaemon
134  ??  S      0:00.09 htt_server -port 9010 -syslog -message_locale C
135  ??  I      0:00.00 htt_server -port 9010 -syslog -message_locale C
136  ??  I      0:00.00 htt_server -port 9010 -syslog -message_locale C
115 con- I      0:00.00 /usr/lib/im/htt -port 9010 -syslog -message_locale C
124 con- I      0:00.00 htt_server -port 9010 -syslog -message_locale C
各ファイルの設定
.Xdefaults (.Xresources)
! 半角/全角キーで ATOKX を起動・停止
*conversionOnKeys: Zenkaku_Hankaku
.xinitrc (.xsession)
/usr/X11R6/bin/xrdb -merge $HOME/.Xdefaults
# ja_JP.eucJP でないと httx を起動したときに Signal 11 で落ちるので注意!
export LANG=ja_JP.eucJP
export XMODIFIERS='@im=htt'
export HTT_DISABLE_STATUS_WINDOW=t
export HTT_GENERATES_KANAKEY=t
export HTT_USES_LINUX_XKEYSYM=t
/usr/lib/im/httx -if atok12 -lc_basiclocale $LANG -xim htt_xbe &
X の起動と ATOKX の動作確認
ここまで来ればあと一歩。

まずは X を起動し、.xinitrc で起動するはずの httx が起動しているかを確認する。

PID    TT  STAT      TIME COMMAND
16337  v0  S      0:00.01 /usr/lib/im/httx -if atok12
                             -lc_basiclocale ja_JP.eucJP -xim htt_xbe
もし起動していなければ、/var/log/messages に Signal 11 で落ちた形跡がないかを調べる。
もし Signal 11 で落ちている場合は LANG の設定が間違っているので ja_JP.eucJP に変更すること。

確認が済んだら適当なアプリケーション (当方は Firefox の検索ボックスで確認した) で確認を行う。
通常は CTRL + Space だが、今回は .Xdefaults でキーバインドを変更しているので "半角/全角" キーを押す。
ATOKツールバー ATOK起動状態 するとウィンドウ左下に右の画像のようなウィンドウが表れ、ATOK が使える状況になる。

その他
Emacs でパッチを当てなければならないと思ったが、CVS から落としてきた GNU Emacs 22.0.50.2 だとその心配は無かった。
そのほかの Emacs での状況は不明。

ユーザー個別ファイルは特に何もしなくても /var/locale/ja/atokserver/users/$USER/ が ATOKX 初回起動時に自動作成され、設定やユーザー辞書は全てそこに保存される。
保存場所は atok12config.so に直接ハードコーディングされているので変更は出来ないようだ。