この作業はレジストリを操作しますので，自信のない方はこの作業を行わないでください．
また，ここに上げているレジストリファイルを使用した際の如何なる責任は一切とるつもりはありませんのであしからず．

8bit の上がいきなり 32bit だと，解像度の選択幅が異様に狭くなります．
で，8bit と 32bit の間には 16bit があるに違いない (運悪くドライバで使用できないようにしているだけだろう) という何の根拠もない考えを元にレジストリを追っかけしてると，該当の部分が見つかったので，さっさと書き直して起動してみると，ちゃんと 16bit Color が使えるようになりました．
それと同様に，800x600 も足してやると使えるようになりました．(笑)

0.DirectX インストール

DirectX 5.0 以上をインストールしておいてください．

Windows ディレクトリ直下にある SYSTEM.ini をテキストエディタで開き，以下のセクションをそのまままるごとコピー＆ペーストする．

[atlsxx.drv]
BPP8=ON
BPP16=ON
BPP32=ON
XY640x480=ON
XY800x600=ON
XY1024x768=ON
XY1280x1024=ON

C&P したあとはセーブしてテキストエディタを閉じよう．

レジストリエディタを起動して，HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\Services\Class\DISPLAY\0001\MODES を開く．
その下に 0000 〜 のキーが並んでいると思うので，その中の DriverDesc の値が MGA-II のものを選択する．

8，32 というキーがあるが，これは設定できるビット深度．ここに 16bit のビット深度を追加すると MGA-II で 16bit Color を使えるようになる．

\MODES\ キーを右クリックして「新規作成」で「キー」を選択する．
キー名を「16」として追加する．
さらに，作成した「16」キーを右クリックして「新規作成」→「キー」で，各解像度を追加して行く．
追加できる解像度は 640x480 及び 1024x768 だけ．
1280x1024 を追加すると，「画面」のプロパティでは 1280x1024 / 16bit を選択できるのだが，それは所詮「選択できるだけ」．
選択するとアイコンが死ぬは画面が半分崩れるわで使いものにならない．

8，32 というキーがあるが，上記のとおりこれは設定できるビット深度．
この「ビット深度」キーの中に 800x600 のキーを作成すると 800x600 の解像度が使用できる．

各「ビット深度」キーを右クリックして「新規作成」→「キー」を選択．
キー名を「800,600」として追加する．
これを全ての「ビット深度」キーに作成する．

後は再起動すれば 16bit Color と 800x600 の解像度が使用可能になる．